要對抗抗生素的耐藥性，吾人需要及時地改善藥物的療效。透過此研究，我將介紹一種改良已知 抗菌肽 (AMPs) 殺菌力的平台，系統性地突變已知的抗菌肽 (AMPs)，並能從短暫的「浸沒及浮起」(SAS) 分子動力學 (MD) 模擬來計算與殺菌力相關的物理量。我們所設計的計算平台用於評估一系列富含色氨酸 AMP 插入細菌脂質膜的能力。我們通過核磁共振 (NMR) 光譜法解析三個 AMP 的結構，顯示它們在膜上是 α-螺旋的結構，並有 CD 光譜的數據支持。MD 模擬預測的 AMP 穿膜能力則由 NMR 順磁弛豫增強 (PRE) 實驗進行驗證。從核磁共振實驗和計算中我們發現 AMPs 的抗菌效力隨著其插入深度而增加。這些模擬亦揭示了 AMP插入隨時間改變的原子層面的細節，以及關鍵殘基的空間排列協同作用對插入的重要性。為了保留重要的插入模式，我們將已知殺菌力的胜肽X (肽X) 之序列循環推移以產生 13種突變體。所有這些 AMPs的分配自由能皆可由 SAS模擬計算得知。我們發現其與AMP的最小抑制濃度 (MIC)值高度相關。得到的相關係數 (大於0.84)比已發表的機器學習方法好上甚多。